Centre de Ressources

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Préserver et partager les terres agricoles
RECOLTE
Recueil d’initiatives foncières

Une politique préventive pour protéger l’eau portée par Lons Agglomération (39)

Accompagnement aux changements de pratiques agricoles et à la maîtrise foncière sur l’Aire d’Alimentation de Captage de Villevieux
septembre 2026
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Pour préserver la qualité de l'eau du captage, les élus de la ville de Lons-le-Saunier ont souhaité agir en amont, par une démarche auprès des agriculteurs et par une stratégie d’acquisition de terres sur le périmètre de protection rapproché du captage de Villevieux. Cette politique ambitieuse s’est concrétisée par la mise en place d’outils incitatifs : aides publiques, accompagnement technique des agriculteurs, mise en place d’une stratégie foncière et création de débouchés pour les produits bio. Cette démarche est aujourd’hui portée à l'échelle de l’intercommunalité.

Situation

Villevieux
(39)

Au pied du massif du Jura, l’Aire d’Alimentation de Captage (AAC) de Villevieux se situe sur 15 communes entre la plaine céréalière de la Bresse, qui s’étend au nord-ouest de Lons-le-Saunier, et la zone viticole du Revermont. Elle est prolongée par une zone d’élevage à l’est sur les premiers plateaux et comprend plusieurs AOC dont celles des Poulets de Bresse, des vins des Côtes du Jura et du Comté. Le développement de l’agriculture intensive dans les années 1970 et 1980 s’est traduit par une dégradation progressive de la qualité de l’eau captée. La ville de Lons-le-Saunier s’est alors saisie de cette problématique pour faire baisser les taux de nitrates mesurés dans l’eau.

  • 1961 : Création de la station de pompage de Villevieux et premières réflexions sur la qualité de l’eau
  • 1992 : Premiers contrats d’engagement sur des changements de pratiques entre la commune et les agriculteurs exploitants sur les 70 ha au sud des puits de captage
  • 2001 : Volonté politique de développer de nouveaux débouchés pour les produits bio via la restauration collective gérée en régie communale à Lons
  • 2012 : DUP imposant le respect du cahier des charges de l’agriculture biologique sur le périmètre de protection rapprochée du captage
  • 2015 : Construction d’une légumerie municipale bio, agrément bio pour l’abattoir et l’atelier de découpe de viande de Lons
  • 2026 : Signature de BRE avec 11 agriculteurs et dépôt d’une demande de droit de préemption

La qualité de l’eau, une préoccupation de longue date

Les débuts des préoccupations sur l’eau remontent à 1961, date à laquelle la ville de Lons-le-Saunier fait construire une station de pompage d’eau sur Villevieux, qu’elle exploite en régie communale. La ville devient alors propriétaire des terres du périmètre de protection immédiat du captage (7ha) qu’elle met en location à quatre agriculteurs de Villevieux. Constatant l'augmentation progressive des niveaux de pollution de l’eau par les nitrates, le Service Technique des Eaux de Lons (STE) commence à acquérir des terres pour protéger la zone de l’artificialisation. Il constitue ainsi un début de réserve foncière de 30 ha en 1993.

Dialogue et accompagnement aux changements de pratiques agricoles

Les négociations avec les agriculteurs de l’AAC sur l’évolution de leurs pratiques agricoles ont été un travail de longue haleine, animé par la volonté politique forte de l’adjoint historique à la ville. A partir de 1992, et pendant plus de 20 ans, un dialogue permanent entre les élus et ces agriculteurs les a progressivement conduits à s’engager auprès de la collectivité via la signature d’une convention de bonnes pratiques adaptées à la présence d’un captage d’eau potable. Ainsi, 70 hectares ont été protégés par les efforts de 15 agriculteurs : abandon de la culture de maïs, mise en place de bandes enherbées le long des cours d’eau, maintien des prairies, limitation de la fertilisation azotée. En échange, une indemnité leur a été versée pour compenser les contraintes de ces dispositions sur leur activité. Les Mesures Agro-Environnementales Territorialisées, cofinancés par l’Etat et l’Europe, ont remplacé cette indemnisation à partir de 2012. 

Au tournant des années 2000, alors qu’il n’y a que 2 agriculteurs bio sur la zone d’alimentation du captage, la conversion à l’agriculture biologique est alors encouragée par la mise en place d’un accompagnement technique des agriculteurs et la création de nouveaux débouchés. La cantine municipale intègre progressivement de plus en plus de produits bio et locaux. Au fil des années, différentes initiatives pour le développement de filières locales de transformation et de commercialisation complètent les changements de pratiques agricoles encouragés via :

  • la construction d’une légumerie municipale bio en 2015
  • la mise en place d’un agrément bio pour l’abattoir et l’atelier de découpe de viande
  • la création d’un Projet Alimentaire Territorial bio en 2020
  • la création d’une Société Coopérative d’Intérêt Collectif (SCIC) de producteurs “Ensemble Bi’Eau” en 2021
  • des mesures incitatives sont également mises en place (aides financières pour l’acquisition d’équipements et de semences pour les agriculteurs volontaires, mise en place de Paiements pour Service Environnementaux à partir de 2020…).

Une déclaration d’utilité publique ambitieuse pour aller plus loin 

En 2009, le captage est reconnu prioritaire : les dispositions de la loi Grenelle doivent s’y appliquer. Une déclaration d’utilité publique (DUP) est alors prise en 2012, afin de classer 1500 hectares dans un périmètre de protection éloigné du captage favorisant des pratiques préservant durablement la ressource en eau. Par ailleurs, cette démarche ouvre à la collectivité une possibilité d’intervention foncière par le biais de la préemption. Dans le périmètre de protection rapprochée du captage (sur 60 ha), l’arrêté préfectoral de la DUP impose de travailler les terres en agriculture biologique. Dans le périmètre de protection éloigné (sur 1500 ha), les agriculteurs doivent limiter leurs intrants et maintenir un couvert végétal sur les sols en hiver. 

L’achat de foncier par différentes collectivités publiques (communes et intercommunalité notamment) se concrétise selon les opportunités. Sur les 220 ha du périmètre rapproché du captage, la part de la propriété foncière publique s'élève à 60% en 2026, soit 141 ha sur lesquels l’agglomération de Lons (ECLA) a souhaité favoriser la transition des contrats de location existants vers des baux ruraux à clauses environnementales (BRE). 

Pour pouvoir avancer vers ces objectifs, l’agglomération de Lons (ECLA) a dû mettre à plat sa stratégie d’intervention foncière, travaillée avec une diversité d’acteurs (Agence de l’Eau, SAFER, Chambre d’Agriculture et représentants de collectivités locales). Cette stratégie a été traduite dans un document-cadre précisant les outils fonciers à privilégier (ORE, BRE, droit de préemption), ciblant le zonage spécifique pour chaque outil.

  • Une qualité de l’eau améliorée (taux de nitrate divisé par deux en 20 ans) qui permet d’éviter de recourir à des systèmes de traitement pour la dépollution des eaux
  • Environ 20% de produits biologiques sont introduits dans la restauration collective, dont le poulet, le boeuf, le pain et les yaourts, qui sont 100% biologiques, ainsi que 30% des légumes
  • Doublement de la surface agricole utile en bio entre 2010 (4,5%) et 2012 (9,5%). Cela représente 11 fermes bio sur les 61 exploitations du bassin versant : soit 312 ha sur 3500 ha en 2018 et 643 ha sur 3500 ha en 2016
  • Signature de 11 BRE sur les terres publiques au sein du périmètre de protection rapprochée
Par arrêté préfectoral, la DUP a promu l’agriculture biologique pour concilier production et qualité de l’eau, car l’agriculture biologique est actuellement, en attendant que l’agriculture classique y parvienne, le seul mode de production naturel, viable qui n’emploie ni pesticide, ni engrais de synthèse.
Jacques Lançon, adjoint historique de Lons-le Saunier à l’origine de la démarche
C’est difficile d’entretenir une certaine dynamique sur des projets quand ils traînent en longueur, notamment quand il s’agit de sujets délicats politiquement. Ça a notamment été le cas pour la mise en place de BRE sur le foncier public, ce qui se concrétise enfin en 2026 alors que c’est annoncé depuis plusieurs dizaines d’années.
Bérengère Thill, Chargée de mission eau, Lons Agglomération
On ne travaille pas avec des numéros quand on met en place des actions sur le foncier et pour la protection de la ressource en eau : on travaille avec de l’humain, alors il faut prendre le temps de semer des graines qui finiront par pousser si on ne lâche pas.
Bérengère Thill, Chargée de mission eau, Lons Agglomération
  • Existence de deux régies communales qui assurent directement la gestion de l’approvisionnement en eau et la restauration collective
  • La volonté politique forte portée sur le long terme par un adjoint déterminé et soutenu par le maire 
  • Moyens humains et financiers suffisants dédiés aux services techniques pour pouvoir tenter des approches innovantes dans les domaines de la protection des captages, de la mise en place de circuits courts et de la gestion de la restauration collective
  • Un accompagnement transversal des agriculteurs, de l’évolution des techniques agricoles à la mise en place de débouchés pour la filière biologique 
  • Différents espaces d’échanges entre collectivités (formations, webinars thématiques…) et de ressources pour accompagner les techniciens dans leurs missions foncières et eau
  • Négociations longues et parfois tendues avec la profession agricole locale, réticente au changement de pratiques
  • Réticence de la profession agricole vis-à-vis des démarches publiques visant à mettre en place des BRE et à s’emparer du droit de préemption sur zone à enjeux eau
  • L’enchaînement des échéances électorales (des collectivités publiques et des instances agricoles) a ralenti les démarches
  • Demande d’un droit de préemption sur les 1500 ha du périmètre de protection éloigné, déposée par la régie intercommunale de gestion des eaux, en cours d’instruction en vue d’une réponse prévue pour septembre 2026
  • Projet de conventionnement entre la régie intercommunale et la SAFER pour mettre en place une veille foncière et envisager d’intégrer les clauses environnementales du modèle de BRE utilisé sur l’AAC dans les procédures de rétrocessions SAFER, à l’échelle du périmètre de protection éloigné
  • Poursuite du recensement des besoins des agriculteurs, de l’animation agricole et de l’accompagnement technique mis en place dans le cadre des PSE
  • Poursuite de la démarche de sensibilisation des propriétaires exploitants sur l’AAC avec la perspective de contractualiser des ORE avec la régie intercommunale
  • Envie d’accompagner des projets d’échanges parcellaires si l’opportunité se présente
une-politique-preventive-pour-proteger-l-eau-portee-par-lons-agglomeration-39
2188
Oui
Acquisition foncière,Bail rural environnemental,Déclaration d’utilité publique (DUP)

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